Trở lại trường học, Harry Potter được bảo vệ hết sức do nghi ngờ Sirius Black sẽ tìm cách giết cậu. Cả Ron, Harry và Hermione đều có những môn tự chọn cho mình. Riêng Hermione chọn tất cả các môn học và cô đều dự tất cả các lớp học mặc dù trùng giờ. Ngoai trừ môn tiên tri là cô bé không học do không có tầm nhìn - môn học do giáo sư Sybill Trelawney đảm nhiệm. Rubeus Hagrid trở thành thầy giáo dạy môn sinh vật huyền bí. Buckbeak - con bằng mã Hagrid đưa ra - chở Harry bay trên trời nhưng lại tấn công Draco Malfoy. Hắn và cha hắn kiện lên Bộ Pháp thuật và con bằng mã bị xử chém. Một lần khi cãi cọ với bọn Malfoy, Hermione đã tát Draco Malfoy một cú trời giáng. Giáo viên mới của môn Nghệ thuật Phòng Chống Hắc Ám là giáo sư Remus Lupin. Ông đã giới thiệu cho cả lớp bùa Riddikulus (Tạm dịch: Kì cà kì cục) áp dụng lên Ông Kẹ. Tuy nhiên đến phần thực hành của Harry Potter, cậu đã liên tưởng đến Giám ngục, nỗi sợ của cậu chính là sự sợ hãi. Trong phòng học của mình Harry được thầy Lupin dạy thần chú gọi thần Hộ mệnh. Khi cả ba đứa đang nói chuyện gần cây Liễu roi thì Ron bị kéo tụt vào trong hang động, hai người còn lại theo vết Ron vào sâu bên trong. Và cả bọn phát hiện căn nhà nhỏ trong đó chúng gặp ba người: Thầy Remus Lupin, "Đuôi Trùn" và Sirius Black. Qua lời kể của ba người Harry dần biết được mọi chuyện. James Potter và ba người là bạn thân và cùng đối đầu với Severus Snape. Khi bị Voldermort đuổi giết, James đã nhờ "Đuôi Trùn" giữ bí mật nhưng hắn đã phản bội. Sirius Black tìm ra hắn trả thù cho bạn nhưng "Đuôi Trùn" đã khéo léo tạo hiện trường giả khiến Black bị bắt vào ngục Azkaban còn y trở thành con chuột già của nhà Weasley. Black trốn ngục và tìm "Đuôi Trùn" qua mẫu báo đăng tin nhà Weasley trúng độc đắc, trong tấm hình có gia đình họ và con chuột cụt một ngón chân trên vai Ron trong chuyến đi Ai Cập. Họ đang nói chuyện thì bị Snape lần theo và bắt gặp. Snape định bắt chú Sirius nhưng bị Harry, Ron và Hermione chống trả quyết liệt. Trên đường đi họ bị bọn giám ngục Azkaban tấn công. Harry đọc thần chú Expecto Patronum gọi thần Hộ mệnh của mình nhưng không địch lại, cậu dần khuỵu ngã, vào lúc đó thấp thoáng một người đọc thần chú và con nai hai sừng phóng ra đuổi bọn giám ngục. Thấy Lupin lúc đó biến thành ngưới sói, "Đuôi Trùn" thừa cơ bỏ chạy.
