Harry ngồi trong một tiệm uống và chờ thầy Albus Dumbledore. Khi thầy xuất hiện, Harry đã cùng với thầy độn thổ để đến một ngôi làng nhỏ. Mục đích của thầy Albus là mời thầy Horace Slughorn về trường dạy học. Sau đó thầy Albus gửi Harry ở lại nhà Weasley đến ngày nhập học.
Hai chị em Bellatrix đã tìm đến giáo sư Snape để thực hiện lời Thề Bất Khả Bội rằng Snape phải bảo vệ Draco làm nhiệm vụ 1 cách an toàn. Snape đã đồng ý. Sau đó Draco đã gia nhập vào hội Tử thần thực tử ở Borgin và Burkes. Harry cùng 2 người bạn đã thấy Draco và những hành động mờ ám nên đã theo dõi.
Rồi ngày nhập học đến, con tàu chở tất cả học sinh đến Hogwarts. Trên tàu, thắc mắc Draco đã làm gì, Harry theo dõi với chiếc áo tàng hình của mình. Và thật không may là Draco đã phát hiện ra Harry. Lúc tất cả xuống xe Draco đã đánh Harry và bỏ mặc trên tàu. Luna Lovegood đã phát hiện và cả 2 cùng vào trường. Trường Hogwarts đã dùng hết những biện pháp để tạo hàng rào bảo vệ không cho bất cứ tà thuật và bọn Tử thần thực tử xâm nhập.
Tại trường Hogwarts, thầy Slughorn dạy môn Độc Dược, vốn là môn không tốt mấy đối với Harry. Vì nghĩ rằng mình sẽ không học môn này được nữa nên Harry không chuẩn bị sách. Vì thế được mượn của nhà trường. Và cuốn sách đó (của Hoàng tử lai) đã giúp Harry học tốt môn Độc dược và được thầy Slughorn tặng chai Phúc Lạc Dược.
Trong thời gian này, Harry được thầy Albus mở 1 lớp dạy và xem các ký ức về Voldemort thuở nhỏ. Và thầy Albus cần thêm ký ức về Chúa tể Hắc ám bằng cách xin thầy Slughorn. Nhưng Harry đã đề cập vấn đề này với thầy Độc dược và không có kết quả gì.
Những cuộc ám sát xảy ra, đầu tiên là Katie Bell bị ếm bùa. Sau đó là đến Ron bị dính bùa của Ronmilda. Harry đem Ron lên phòng thầy Slughorn để điều trị và sau đó mời rượu Ron. Nhưng trong rượu lại có độc.
Tiệc lễ Giáng Sinh đến và sau đó là Harry được nghỉ lễ ở nhà Ron cùng Hermione. Tại đây Harry bàn bạc công việc với Hội phượng hoàng. Và sau đó Ginny lên gác, thấy Harry. 2 người định hôn nhau nhưng 1 tiếng động lạ xuất hiện. Harry nhìn ra và 1 ngọn lửa được thổi xuống vây quanh trang trại Weasley. Bọn Tử thần thực tử cùng với mụ Bellatrix đã xuất hiện. Harry đã không kiềm chế được và chạy ngay ra khỏi nhà và đuổi theo mụ phù thủy. Ginny cũng theo Harry. Và 2 người đụng độ với tên Tử thần thực tử, rồi hội phượng hoàng đuổi kịp Harry. Tên tử thần thực tử và mụ phù thủy thấy không ai có trong trang trại nên đã đốt cả trang trại.Trong thời gian học từ đầu năm đến giờ, Harry đã thấy Draco luôn lén lút và làm những điều bí ẩn. Thì ra Draco đã âm thầm sửa chiếc Tủ Biến Mất ở Phòng Theo Yêu Cầu để bọn Tử thần thực tử có thể xâm nhập vào Hogwarts. Và rồi Harry phát hiện ra có thể Draco đã ếm bùa Katie. Harry đã gặp Draco ở phòng vệ sinh và 2 người đã đánh nhau và Harry đã dùng bùa Cắt Sâu Mãi Mãi và Snape phát hiện ra. Vì vậy Snape nghi ngờ bùa phép Harry sử dụng.
Sau khi quay lại trường Hogwarts, Harry tiếp tục với việc tìm kiếm ký ức từ thầy Slughorn và thầy đã cho Harry ký ức nhưng ký ức đó đã thay đổi. Và rồi bằng cách uống Phúc Lạc Dược, Harry đã lấy được ký ức thật từ thầy Độc dược. 2 thầy trò đã biết Voldemort có đến 7 mạng sống trong 7 Trường sinh linh giá (TSLG). Và 2 thầy trò đi tìm TSLG thứ 3 (đã diệt được 2 TSLG là chiếc nhẫn và cuốn nhật ký). Địa điểm có TSLG thứ 3 là 1 hang động. Và 2 thầy trò vào trong hang động. Phát hiện ra 1 cái chậu đựng 1 thứ chất lỏng màu xanh và thầy Albus đã uống hết để Harry có thể lấy TSLG. Đầu óc quay cuồng, mông lung và cuồng loạn, dường như thầy Albus đã không còn sức lực. Harry nghe thầy nói: "Nước! Nước" lập tức tạo ra nước nhưng không múc được và rồi múc nước dưới hồ. Ngay lập tức Harry bị 1 bàn tay xương xẩu nắm lấy. Rồi nhiều âm binh khác nổi lên mặt nước. Tiến dần đến Harry. Và Harry bị lôi xuống hồ. Rồi từ đâu 1 luồng lửa sức mạnh giết hết bọn âm binh. Đó là sức mạnh của thầy Albus. Và 2 thầy trò đã thoát khỏi hang động và trở về trường. Cũng ngay lúc đó bọn tử thần thực tử đã vào được trường. Khi nghe có tiếng động lên tòa nhà, thầy Albus đã bảo Harry phải trùm áo tàng hình và núp thật kỹ, không được lộ diện dù bất cứ việc gì xảy ra với thầy. Và Draco đối mặt với thầy Albus. Và bọn Tử thần thực tử cũng lên với Draco. Bọn chúng hối thúc Draco mau giết thầy Albus nhưng Draco không dám. Ngay lúc đó thầy Snape đã xuất hiện và giết ngay thầy Albus khiến thầy rớt xuống từ tòa nhà cao. Sau đó bọn chúng bỏ chạy. Harry đuổi theo và dùng bùa Cắt Sâu Mãi Mãi để diệt thầy Snape nhưng Snape đã đỡ được và lúc đó Harry biết Snape chính là Hoàng tử lai. Rồi cả trường Hogwarts tiếc thương cho thầy Albus.
Ngày hôm sau Harry phát hiện ra TSLG tìm được là đồ giả. Đồ thật đã nằm trong tay R.A.B. Một người bí ẩn...
